消化管の一部であり消化と吸収を行う。
胃と大腸の間に有り、十二指腸（約30cm）、空腸（約250cm）、回腸（約350cm）からなり、全長は600cm以上に達する。十二指腸は固定されているが、他の空腸、回腸はかなり自由に動くことが出来ます。肝臓からの胆汁やすい臓からの酵素は十二指腸へ分泌され、消化反応の大部分はここで行われる。小腸の内壁は輪状のひだになっており、その表面には数百万もの絨毛と呼ばれる指状の突起があり、これが小腸の表面積を増大させている。これは柔突起とも呼ぶ。さらに、絨網の表面には数千の微絨毛があり、更に表面積を増やしている。表面積は、テニスコート2面分にあたる。一つの細胞からおよそ60,000の絨毛が突き出ている。
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